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O Fundo Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico – FNDCT – foi criado em 1969, por meio do Decreto-Lei nº 719, como um instrumento financeiro de integração da ciência e tecnologia com a política de desenvolvimento nacional, tendo por base a experiência do Fundo de Apoio à Tecnologia – FUNTEC, constituído em 1964 e gerido pelo Banco Nacional de Desenvolvimento Econômico – BNDES.

A Financiadora de Estudos e Projetos – FINEP, empresa pública criada em 24 de julho de 1967, pelo Decreto nº 61.056, é a Secretaria Executiva do FNDCT, desde 15 de março de 1971.

O FNDCT foi criado com o objetivo de apoiar financeiramente programas e projetos prioritários de desenvolvimento científico e tecnológico nacionais, tendo como fonte de receita os incentivos fiscais, empréstimos de instituições financeiras, contribuições e doações de entidades públicas e privadas.

A partir da década de 1970, o FNDCT tornou-se o mais importante instrumento de financiamento para implantação e consolidação institucional da pesquisa e da pós-graduação nas universidades brasileiras e de expansão do sistema de ciência e tecnologia nacional.

A despeito de sofrer ao longo de sua história com a irregularidade na alocação de recursos para sua operacionalização, o FNDCT proporcionou recursos para todo o espectro de atividades de pesquisa científica e de desenvolvimento tecnológico, apoiando ações de formação de recursos humanos e de fortalecimento e consolidação da infraestrutura de ciência e tecnologia.

A partir de 1998, o Governo Federal tomou a iniciativa de criar os Fundos Setoriais, cujos recursos foram alocados no FNDCT. Isso permitu combinar a garantia de um fluxo contínuo de recursos orçamentários e financeiros com mecanismos eficientes de decisão no apoio à pesquisa e ao desenvolvimento, em todos os níveis, com altos padrões de qualidade.

As receitas que alimentam o Fundo têm diversas origens: recursos ordinários do tesouro nacional; a Contribuição de Intervenção no Domínio Econômico (CIDE); parcela sobre o valor de royalties sobre a produção de petróleo ou gás natural; percentual da receita operacional líquida de empresas de energia elétrica; percentual dos recursos decorrentes de contratos de cessão de direitos de uso da infra-estrutura rodoviária para fins de exploração de sistemas de comunicação e telecomunicações; percentual dos recursos oriundos da compensação financeira pela utilização de recursos hídricos para fins de geração de energia elétrica; percentual das receitas destinadas ao fomento de atividade de pesquisa científica e desenvolvimento tecnológico do setor espacial; percentual do faturamento bruto de empresas que desenvolvam ou produzam bens e serviços de informática e automação; percentual sobre a parcela do produto da arrecadação do Adicional ao Frete para a Renovação da Marinha Mercante - AFRMM que cabe ao Fundo da Marinha Mercante - FMM; o produto do rendimento de suas aplicações em programas e projetos, bem como nos fundos de investimentos; recursos provenientes de incentivos fiscais; empréstimos de instituições financeiras ou outras entidades; contribuições e doações de entidades públicas e privadas; o retorno dos empréstimos concedidos à Finep.

A Lei n.º 11.540, de12 de novembro de 2007, e o Decreto nº. 6.938, de 13 de agosto de 2009, regulamentaram o FNDCT e promoveram mudanças no processo de definição e aplicação dos recursos dos Fundos Setoriais. Entre as alterações mais significativas, destacam-se: (a) a criação do Conselho Diretor, órgão central do sistema, presidido pelo Ministro de Estado da Ciência e Tecnologia e composto por membros de governo, representantes da comunidade científica e do setor empresarial; (b) a institucionalização das ações transversais e do Comitê de Coordenação dos Fundos Setoriais – CCF; e (c) a institucionalização do plano de investimento anual do FNDCT. A regulamentação do FNDCT possibilitou, ainda,que os recursos destinados às operações reembolsáveis, oriundos de empréstimos do FNDCT, pudessem ser aplicados pela Finep, devendo o produto das aplicações ser revertido à conta do Fundo, garantindo, assim, ao FNDCT a acumulação de ativos e patrimônio, permitindo se estruturar como um Fundo de natureza contábil, com receitas próprias, e com objetivo de financiar o desenvolvimento científico e tecnológico e a inovação para promoção do desenvolvimento econômico e social do País.

Os recursos do FNDCT são utilizados para apoiar atividades de inovação e pesquisa em empresas e instituições científicas e tecnológicas - ICTs, nas modalidades de financiamento reembolsável, não-reembolsável e investimento, podendo ser implementados de forma direta ou descentralizada. Na forma direta, a Finep, na qualidade de Secretaria Executiva do Fundo, executa diretamente o orçamento; na forma descentralizada, os recursos são transferidos para outros parceiros que ficamresponsáveis pela implementação da ação.

As diversas ações que recebem apoio do FNDCT, atualmente, podem ser agrupadas em três categorias, conforme afinalidade de aplicação:

1. Fundos de C&T: Fundos Setoriais, Ação Transversal e Demais Ações de apoio a Instituições de Ciência e Tecnologia/ICT´s;

2. Ações de Apoio à Inovação nas Empresas;

3. Outras Ações do FNDCT:

3.1. Pesquisa e Desenvolvimento nas Organizações Sociais (OS´s) vinculadas ao MCTI;

3.2. Formação, Capacitação e Fixação de Recursos Humanos Qualificados para C,T&I;